#!/usr/bin/env python3 """ main.py — MASLDNITSchedule-Kor CLI MASLD/MASH 종단 관찰연구 NIT 측정 스케줄 설계 계산기 (오프라인 CLI). 사용법: python3 main.py --demo 예제 스케줄로 MDC·tradeoff·비용 전체 출력 python3 main.py --help 도움말 python3 main.py --nit VCTE_LSM --followups 2 --interval 12 --subjects 120 개별 NIT 설계 리포트 출력 python3 main.py --report VCTE_LSM 프로토콜 측정계획 섹션 리포트만 출력 면책: 참고용·연구용 도구. 실제 연구 설계는 생물통계학자 검토 필수. NIT 변동성 값은 문헌 기반 추정치. """ import argparse import sys try: import core except ImportError as e: print(f"core 모듈 로드 실패: {e}", file=sys.stderr) sys.exit(1) def _print_header(title): print() print("#" * 72) print(f"# {title}") print("#" * 72) def cmd_demo(args): """예제 스케줄로 MDC, tradeoff, 결측 시뮬, 비용효율 frontier 전체 출력.""" lib = core.load_nit_library() _print_header("MASLDNITSchedule-Kor — 데모 실행") print(core.DISCLAIMER) print() print("예제 시나리오: MASH 의심 T2DM 코호트 120명, baseline + 추적 2회(12개월 간격),") print(" 총 24개월 추적, visit window +-4주, 가정 결측률 15%.") n_subjects = 120 n_followups = 2 interval = 12 sched = core.build_schedule(0, n_followups, interval) visit_months = sched["visit_months"] print(f"\nvisit 스케줄: {', '.join(f'{m:.0f}개월' for m in visit_months)} " f"(총 {sched['total_months']:.0f}개월, {sched['n_visits']}회)") # --- 기능 2: NIT별 MDC 표 --- _print_header("[기능 2] NIT별 최소검출변화(MDC) — 반복측정 1/2/3회") for key in core.list_nits(lib): tbl = core.mdc_table_for_nit(lib, key, repeats=(1, 2, 3)) cells = " ".join(f"n={r['n_repeat']}:{r['mdc']:.3f}" for r in tbl["rows"]) print(f" {tbl['label']:<26} ({tbl['unit']:<7}) SEM={tbl['sem']:.3f} MDC[{cells}]") # --- 기능 3: tradeoff --- _print_header("[기능 3] 연구기간 vs 자연 진행률 tradeoff (subgroup=T2DM_or_MASH)") for key in core.list_nits(lib): nit = core.get_nit(lib, key) sg = "T2DM_or_MASH" if "T2DM_or_MASH" in nit["progression"].get("subgroups", {}) else None tc = core.tradeoff_curve(lib, key, subgroup=sg, n_repeat=1, max_months=120, step_months=12) ttm = tc["time_to_mdc_months"] ttm_str = "산출불가(진행률 0)" if ttm == float("inf") else f"약 {ttm:.1f}개월" det = tc["detectable_from_month"] det_str = f"{det}개월부터 검출가능" if det is not None else "120개월 내 검출 불가" print(f" {nit['label']:<26} 진행률={tc['progression_per_year']:+.3f} {tc['unit']}/년" f" MDC도달={ttm_str} ({det_str})") # --- 기능 4: visit window 최적화 + 결측 시뮬 --- _print_header("[기능 4] visit window 최적화 + 결측 영향 (VCTE_LSM 예시)") nit = core.get_nit(lib, "VCTE_LSM") sem, unit, base = core.resolve_sem(nit) slope = nit["progression"]["subgroups"]["T2DM_or_MASH"] opt = core.optimize_visit_window(visit_months, n_subjects, sem, slope, window_candidates=(2, 4, 8, 12), missing_rate=0.15, n_sim=300) print(" (집단 검정력은 표본이 크면 포화 → 스케줄 비교는 '피험자 변화검출률' 사용)") for r in opt["results"]: print(f" window +-{r['window_weeks']:>2}주: 변화검출률 {r['detect_rate']*100:5.1f}%" f" (손실 {r['detect_rate_loss']*100:4.1f}%p, " f"엔드포인트완전성 {r['endpoint_completeness']*100:.1f}%, " f"집단검정력 {r['power']*100:.1f}%)") print(f" => 권장 visit window: +-{opt['recommended_window_weeks']}주 " f"(변화검출률 {opt['recommended_detect_rate']*100:.1f}%)") # --- 기능 5: 비용효율 frontier --- _print_header("[기능 5] NIT 조합·비용 비교 — 비용효율 frontier") cef = core.cost_efficiency_frontier(lib, core.list_nits(lib), n_subjects, visit_months, n_repeat=1) rows = sorted(cef["rows"], key=lambda r: r["cost_per_subject"]) print(f" {'NIT':<26}{'1인당검사비':>14}{'검정력':>9}{'frontier':>10}") for r in rows: on_front = "O" if r["nit"] in cef["frontier_keys"] else "-" print(f" {r['label']:<26}{r['cost_per_subject']:>12,}원" f"{r['power']*100:>7.1f}%{on_front:>10}") front_labels = [core.get_nit(lib, k)["label"] for k in cef["frontier_keys"]] print(f" => 비용효율 frontier: {', '.join(front_labels)}") # --- 기능 6: 설계 리포트 --- _print_header("[기능 6] 설계 리포트 — VCTE_LSM 예시") print(core.generate_design_report(lib, "VCTE_LSM", n_subjects=n_subjects, n_followups=n_followups, interval_months=interval, subgroup="T2DM_or_MASH", n_repeat=1, window_weeks=4, missing_rate=0.15, budget_krw=50000000, n_sim=300)) print() print("데모 종료. 개별 NIT 설계는: python3 main.py --nit --help 참조") def cmd_single(args): """개별 NIT 설계 리포트 출력.""" lib = core.load_nit_library() if args.nit not in core.list_nits(lib): print(f"오류: 알 수 없는 NIT '{args.nit}'. 가능: {core.list_nits(lib)}", file=sys.stderr) return 1 report = core.generate_design_report( lib, args.nit, n_subjects=args.subjects, n_followups=args.followups, interval_months=args.interval, subgroup=args.subgroup, n_repeat=args.repeat, window_weeks=args.window, missing_rate=args.missing, budget_krw=args.budget, n_sim=args.nsim, ) print(report) return 0 def build_parser(): p = argparse.ArgumentParser( prog="main.py", description="MASLDNITSchedule-Kor — MASLD/MASH NIT 종단 측정 스케줄 설계 계산기 (오프라인 CLI)", formatter_class=argparse.RawDescriptionHelpFormatter, epilog=( "예시:\n" " python3 main.py --demo\n" " python3 main.py --nit VCTE_LSM --followups 3 --interval 6 --subjects 150\n" " python3 main.py --report MRE\n\n" "면책: 참고용·연구용 도구. 실제 연구 설계는 생물통계학자 검토 필수.\n" "NIT 변동성·진행률·단가는 문헌 기반 추정치." ), ) p.add_argument("--demo", action="store_true", help="예제 스케줄로 MDC·tradeoff·결측시뮬·비용 전체 출력") p.add_argument("--nit", type=str, default=None, help="설계할 NIT (FIB-4, ELF, VCTE_LSM, MRE, MRI_PDFF)") p.add_argument("--report", type=str, default=None, metavar="NIT", help="해당 NIT의 프로토콜 측정계획 리포트 출력 (--nit 와 동일 동작)") p.add_argument("--followups", type=int, default=2, help="추적 visit 수 (기본 2)") p.add_argument("--interval", type=int, default=12, help="visit 간격(개월, 기본 12)") p.add_argument("--subjects", type=int, default=120, help="표본 수 (기본 120)") p.add_argument("--subgroup", type=str, default="T2DM_or_MASH", help="진행률 하위집단 (기본 T2DM_or_MASH)") p.add_argument("--repeat", type=int, default=1, help="visit당 반복측정 횟수 (기본 1)") p.add_argument("--window", type=int, default=4, help="visit window 폭(주, 기본 4)") p.add_argument("--missing", type=float, default=0.15, help="가정 결측률 (기본 0.15)") p.add_argument("--budget", type=int, default=None, help="가용 예산(원, 선택)") p.add_argument("--nsim", type=int, default=300, help="Monte-Carlo 반복 수 (기본 300)") return p def main(argv=None): parser = build_parser() args = parser.parse_args(argv) if args.demo: cmd_demo(args) return 0 target = args.nit or args.report if target: args.nit = target return cmd_single(args) # 인자 없음 → 도움말 parser.print_help() print() print("힌트: 빠른 시연은 'python3 main.py --demo'") return 0 if __name__ == "__main__": sys.exit(main())