# MASHFibroTargetGap-Kor (매시파이브로타겟갭코어)

> ⚠️ **디스클레이머**: 본 도구는 연구용·참고용 drug-target gap hypothesis
> 생성기입니다. 실제 약물 개발 결정·임상의사결정·승인 결정에 사용 금지.

MASH fibrosis phase 1/2/3 약물 20종 × 분자기전 30종 coverage matrix 자동 구축
+ 미충족 gap ranking + 차세대 target 가설 + Korean cohort PoC suitability
+ 한국어 grant proposal card standalone Python CLI.

## 도메인

- MASLD (Metabolic dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease)
- MASH (Metabolic dysfunction-Associated Steatohepatitis) 섬유화 진행
- Drug-target landscape gap mining 연구 아이디어 생성기

## 핵심 기능 (5)

1. **약물 pipeline ingest + mechanism mapping** — MASH/NASH trial 20종
   (resmetirom / pegozafermin / efruxifermin / survodutide / sema / tirzep /
   lanifibranor / obeticholic / firsocostat / denifanstat / VK2809 /
   aldafermin / HPP737 / avocrastat / cenicriviroc / simtuzumab /
   PLN-1474 / saroglitazar / MGL-3196 2nd gen / BMS-986263 follow-on) —
   `drug_id · target · mechanism_class · phase · sponsor · primary_endpoint ·
   population · N · status` 표준 schema (합성 데이터).
2. **분자기전 30 ontology + coverage matrix** — HSC activation / KC
   polarization / CD8+ Trm / gut-liver / bile acid / FGF21 / THR-β / FGFR /
   PPAR / ACC / DGAT / SCD1 / SREBP / CTGF / LOXL2 / integrin αvβ6 /
   CCR2/5 / TIMP / MMP / complement / ferroptosis / NLRP3 / STING /
   IL-17·22 / circadian / HSP47 30종 — 약물 × mechanism 텍스트 heat-map.
3. **미충족 gap ranking + 차세대 target 후보** — 각 mechanism 의 attack
   약물 수 + phase 분포 + primary endpoint coverage → 미충족 gap ranking
   + 차세대 후보 + preclinical evidence (PubMed N, KO mouse 표현형,
   human GWAS).
4. **Korean MASH cohort PoC suitability** — 한국 MASLD subphenotype
   (저BMI MASLD / MAFLD 정의 / KASL NIT 호환 / PNPLA3 rs738409 G
   AAF 0.42 / TM6SF2 rs58542926 T AAF 0.073) 기반 차세대 target PoC
   plan (예상 N · 기간 · endpoint · 후보 사이트).
5. **한국어 grant/IIT proposal card + OpenClaw 호환 export** — Top 미충족
   gap target 한국어 grant card (mechanism narrative · preclinical · 후보 ·
   PoC plan · KDDF / 국가신약개발 / NRF / KFDA accelerated approval),
   OpenClaw 바이오 피벗 약물 재조합 DB JSON, KASL/AASLD/EASL abstract
   template.

## 설치 및 실행

```
# 의존성: Python 3.7+ 표준 라이브러리만 사용 (numpy/pandas 불필요)
python3 main.py --help
```

## CLI 사용 예시

```
python3 main.py --summary
python3 main.py --pipeline
python3 main.py --coverage-matrix
python3 main.py --gap-rank --top 10
python3 main.py --target-candidates "CD8-Trm"
python3 main.py --korean-poc "integrin alpha-v beta-6"
python3 main.py --grant-card --target "LOXL2"
python3 main.py --grant-card                # default: Top 1 gap mechanism
python3 main.py --export-openclaw openclaw_mash.json
```

## 데이터 (합성)

`data/` 폴더의 5개 CSV 파일:
- `mash_drugs.csv` — MASH/NASH 약물 20종 schema
- `mechanism_ontology.csv` — 분자기전 30종 + KEGG/Reactome/MeSH ID
- `coverage_matrix.csv` — drug × mechanism coverage 점수
- `gap_targets.csv` — mechanism 별 gap_score + 차세대 후보 + preclinical
- `korean_poc.csv` — 21 차세대 target 의 한국 cohort PoC suitability

**합성 데이터 주의**: ClinicalTrials.gov 실제 trial ID 일부 참조했으나, N /
endpoint / status 등 세부 값은 illustrative 합성. 실제 의사결정에 사용 금지.

## 데이터 schema

### mash_drugs.csv
`drug_id, drug_name, sponsor, target_class, target_gene, phase, n_enrolled,
primary_endpoint, biomarker_type, trial_id, status, mechanism_class_list`

### mechanism_ontology.csv
`mechanism_id, mechanism_name, mechanism_category, kegg_pathway, reactome_id,
mesh_id, ontology_description`

### coverage_matrix.csv
`drug_id, mechanism_id, coverage_score, evidence_type`
- coverage_score: 0=no, 0.3=preclinical, 0.5=phase 1, 0.7=phase 2,
  1.0=phase 3+, 1.2=approved

### gap_targets.csv
`mechanism_id, current_attack_drug_count, phase_3_count, gap_score,
next_gen_target_candidate_list, preclinical_pubmed_n, ko_mouse_phenotype,
human_gwas_association`

### korean_poc.csv
`target_candidate, korean_subphenotype_fit, estimated_n,
expected_duration_months, expected_endpoint, kasl_nit_compatible,
candidate_sites, pnpla3_korean_aaf, tm6sf2_korean_aaf`

## OpenClaw 바이오 피벗 통합

`--export-openclaw output.json` 으로 생성한 JSON 은 OpenClaw 약물 재조합
DB schema `openclaw_bio_pivot.v1` 와 호환. 차세대 선별 layer 로 직접
ingest 가능.

## 의학적 디스클레이머

본 도구는 연구용·참고용 drug-target gap hypothesis 생성기입니다.
- 실제 약물 개발 결정·임상의사결정·승인 결정에 사용 금지.
- 합성 데이터 기반이므로 실제 trial 통계·임상 데이터와 다를 수 있음.
- Grant proposal card 는 brainstorming aid 이며, 실제 grant submission
  전에 reviewer-level 검토 필수.

## 제약

- 외부 네트워크/API 호출 없음 (offline-first)
- Python 표준 라이브러리만 사용 (csv, json, argparse, math, collections)
- 외부 패키지 설치 불필요

## 라이선스 및 사용 범위

내부 연구 도구. 본 도구의 출력 결과를 임상 진료, 환자 안내, 제품 등록,
규제 자료에 사용하는 행위 금지.